Era il figlio di Charles-Louis Willaert, decoratore e ritrattista, ed era il maggiore di una famiglia di tredici figli. Anche i suoi fratelli Arthur (1875-1942) e Raphaël Robert Willaert (1878-1949) furono pittori.

Ha ricevuto la sua formazione presso l'Accademia di Gand, con Theodoor Caneel e Louis Tytgadt. A ventitré anni nel 1884, divenne lui stesso insegnante all'Accademia. Dal 1887 al 1890 studiò all'Accademia di Belle Arti di Parigi.

Ferdinand Willaert era un avido viaggiatore e soggiornava regolarmente nel sud, il che ha avuto un chiaro impatto sul suo stile. Nel 1887 viaggiò con A. Marcette in Spagna e Marocco, dove scoprì la vera luce. Sempre tra il 1890 e il 1892 viaggiò in Marocco con i suoi amici Albert Lebourg e Ignacio Zuloaga. Al suo ritorno, espose le sue opere su Tangeri al Cercle artistique et littéraire de Gand, che fu l'inizio della sua svolta artistica.

Nel 1893 divenne membro della Société Nationale des Beaux-Arts di Parigi e nel 1907 divenne segretario del circolo. Divenne poi anche membro della Société du Salon d'Automne parigina e della Société Royale des Beaux-Arts di Bruxelles.
Nel 1899 divenne membro della giuria dei Saloni belgi, e in tale veste si occupò dell'arredamento di vari saloni a Gand, Anversa e Bruxelles. È da allora che partecipa personalmente a mostre estere in Turchia, Francia, Paesi Bassi, Germania, Inghilterra, Italia, Spagna, Russia, Egitto e Stati Uniti, dove viene premiato più volte.

Nel 1901 fu nominato direttore dell'Accademia di Dendermonde, carica che ricoprì fino al 1934.

Ferdinand Willaert si sposò per la prima volta con Léontine Van Loo nel 1893. Dopo la morte della prima moglie nel 1904, si risposò il 21 marzo 1908 con Valentine Fontan, nata nel sud della Francia, figlia del pittore Joseph- Auguste Fontan e lei stessa artista che dipinse nature morte, fiori, interni, ritratti e scene con figure. Si trovavano a 7 Drabstraat a Gand. La coppia ebbe una figlia di nome Marguerite nel 1918. Dopo il loro matrimonio, hanno trascorso le vacanze nella casa natale di Valentine a Magnan, nel dipartimento del Gers, nel sud-ovest della Francia.

Ferdinand Willaert divenne cavaliere dell'Ordine della Corona e ufficiale dell'Ordine di Leopoldo. Dopo la sua morte fu sepolto nel Campo Santo di Sint-Amandsberg.