Van Baarsel nacque il 15 novembre 1761 a Utrecht. Suo padre era Cornelis van Baarsel Sr., un droghiere di Utrecht. In giovane età, Van Baarsel si trasferì con la sua famiglia ad Amsterdam, dove suo padre aprì un negozio di alimentari. Lì il giovane Cornelis si formò anche come droghiere, ma si sentiva fuori posto e non poteva usare la sua creatività. Per trovare la sua vera vocazione, Van Baarsel ha svolto diversi lavori. Ha lavorato in un negozio di tessuti e in una farmacia. Tuttavia, poiché disegnava sempre e non prestava attenzione al negozio, Van Baarsel è stato licenziato da entrambi i suoi datori di lavoro. Ha poi trascorso alcuni anni in mare prima di dedicarsi interamente al disegno.

Dopo il periodo in mare di Van Baarsel, è tornato ad Amsterdam e ha sposato la sua amata d'infanzia Dorothea Veelwaard. Nel 1791 ebbero un figlio, Willem Cornelis van Baarsel. Sua moglie Dorothea era imparentata con il noto incisore Daniel Veelwaard. La sua famiglia ha riconosciuto il suo talento e lo ha esortato a riqualificarsi come incisore. Poi nel 1789 iniziò a lavorare come incisore indipendente e si specializzò principalmente nell'incisione di mappe. Il suo studio si trovava probabilmente sull'Haarlemmerdijk.

Sotto il regno di re Lodewijk, Van Baarsel fu nominato primo incisore presso il Deposito Generale della Guerra ad Amsterdam e poi all'Aia. Dopo la partenza del re Lodewijk intorno al 1810, Van Baarsel partì per Parigi per lavorare come incisore presso il deposito di guerra. Nel 1815 tornò ad Amsterdam per lavorare come incisore per privati.

Van Baarsel formò suo figlio Willem Cornelis van Baarsel come incisore e dal 1817 il lavoro dello studio di Van Baarsel fu dotato della firma 'C. van Baarsel & Son.' Dopo la morte di suo padre nel 1826, Willem Cornelis continuò il suo studio sotto il nome di W. C. Van Baarsel. Oltre a suo figlio, Van Baarsel lavorava regolarmente anche con Cornelis Covens and Sons e PN Tuyn.